コミュニケーション用コンピュータネットワーク端末「NAVI」（ナビ）が普及した現代、中学生の岩倉玲音は、死んだはずの四方田千砂からのメールを受け取る。
その日以来、玲音は見えないはずのものを見るようになる。
四方田千砂のメールの言葉に興味を持ち、大型の「NAVI」を手に入れるが、それ以来更に奇怪な事件に巻き込まれていく。
物理世界（リアルワールド）と電脳世界（ワイヤード）、二つの世界・二人の玲音（lain）が混濁し錯綜する果てにあるものは?－人は誰しも“繋がれて”いる－・－私は遍在する－